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Step 1
Step 2
Step 3
对两个分离的原发肿瘤样本,即早期和晚期膀胱肿瘤,进行分析。两者均从Discovery Life Sciences(DLS)获得。按照DLS方案分离样本。
文库制备
为了证明LeviCell™在去除死细胞和碎片方面的优势,在每次富集过程之前,将每个样本(40万个细胞)分成多个部分。将每个样本的一半洗涤到10X文库制备缓冲液中,而另一半使用LeviCell™富集活细胞。定量后,将LeviCell™的产物直接放入Chromium Next GEM单细胞3’试剂盒步骤中,不做额外洗涤。每种方法分别使用大约1.5万个细胞。最终的cDNA浓度通过BioAnalyzer测定。尽管所有样本都成功完成了此步骤,但LeviCell™产物的cDNA质量和文库质量都有明显的提高。
所有样本在文库制备前都进行了标准化,以解决产量差异,标准化后将1.5万个细胞从每个进程加载到Chromium系统中。
所有样本均在Illumina 6000 S2测序仪上进行测序,每个样品的读取深度约为5亿次。测序指标(包括读长中的Q30碱基、条形码和UMI)在所有样本中几乎相同。在所有样本中,整体映射的读长部分非常相似,并且在映射到基因组的基因间,内含子和外显子区域的读长部分中仅观察到很小的差异。
将未富集样本中检测到的基因与其对应的活性富集样本进行比较时,可以看到最显著的差异。该图强调了这样一个事实:即早期膀胱癌的每个细胞中检测到的基因中位数增加了近3倍,而晚期癌症样本增加了50%。
测序分析
使用来自10X Genomics的Cell Ranger分析测序结果。下图展示了使用LeviCell™制备单细胞测序样本的明显优势。在LeviCell™上富集的样本产生了明显更多的单个细胞检测基因数。这与更好的UMI计数分布相结合,可以为使LeviCell™制备的样本结果提供更加完整的版图。
早期癌症样本
在标准方法中,每个细胞的UMI计数分布显示了一小群细胞,其中大部分是UMI计数。当按基因表达变化分组时,同一细胞簇由单个簇表示。相反,在LeviCell™富集样本中,存在大量具有显著UMI计数的细胞。同一组细胞由四个基因表达簇(右下方)表示,表明测序结果中捕获的细胞多样性范围更大。
晚期癌症样本
在晚期癌症样本中观察到类似的趋势,尽管趋势不那么明显。在这里,使用标准方法进行的样品处理显示了大量具有高度多样性UMI计数的细胞,以及相应的五个基因表达簇。LeviCell™富集后的样本细胞数量较多,UMI计数多样性高,基因表达簇有6个簇,表达谱更清晰。